После победы Народной революции Монголия взяла курс на социалистические преобразования, следуя указаниям, получаемым из СССР. В 1926 году в МНР был принят Закон об отделении церкви от государства, в котором отмечалось, что "наше правительство сочувственно относится к религии Блаженного Сакья-муни, поэтому оно в пределах закона твёрдо защищает дело соблюдения, изучения и распространения данного учения", но упразднялись привилегии высших чинов буддийского духовенства, - хубилганов и хамбо, - и предписывалось каждый раз для отыскания того или иного нового перерождения ходатайствовать перед правительством.
Вскоре после этого МНРП и Ревсомол повели активную борьбу за обмирщение представителей буддийского духовенства; в конце 1920-х годов в стране практически одновременно с СССР была начата коллективизация. Шла конфискация имущества у духовенства и старой феодальной знати.
К началу 1930-х годов около 10 тыс. монахов уже было изгнано из монастырей. Эти процессы и реформы вызывали недовольство не только у зажиточных аратов, нойонов и духовенства, но и у всех жителей Монголии, что вылилось в 1932 году в Хубсугульское восстание, подавленное лишь через полгода. Руководителей восстания на публичном судебном разбирательстве приговорили к расстрелу. В 1933-1934 годов по "делу Лхумбэ"- по имени Ж. Лхумбэ, видного партийно-государственного деятеля МНР, подверглись репрессиям 317 человек. Помимо тюремных сроков от 5 до 10 лет, применялся и такой вид наказания, как высылка в СССР с последующим 5-летним заключением в лагерях без права возвращения в Монголию.
22 марта 1936 года на Пленуме ЦК МНРП Х. Чойбалсан, опираясь на поддержку Сталина, отстранил от власти председателя Совнаркома МНР П. Гэндэна, выступавшего против размещения в стране войск СССР и развёртывания в стране масштабных репрессий против духовенства по примеру советских.
В апреле 1936 года в Монголии прошёл процесс над ламами, которых обвиняли в том, что они "поднимали авторитет религии", что расценивалось, как контрреволюция, и в шпионаже в пользу Японии. За 1936 год было проведено пять открытых процессов над буддистским духовенством.
20 октября 1937 года была создана Чрезвычайная Комиссия во главе с Чойбалсаном для внесудебного рассмотрения дел арестованных (по аналогии с "тройками" в СССР). Вскоре после этого в МНР начались массовые репрессии против духовенства, разрушение монгольских монастырей и расстрелы лам.
Ставший в 1936 году после смещения Гэндэна главой правительства А. Амар в 1939 году был арестован вместе со своими 28 ближайшими сотрудниками. Все они были вывезены в СССР и в июле 1941 года были расстреляны по приговору Военной Коллегии Верховного Суда СССР на полигоне "Коммунарка".
Массовые репрессии продолжались вплоть до апреля 1939 года.
Только с августа 1937 года по январь 1938 года, по данным советского полпредства, в Монголии было арестовано 10 728 человек, в том числе 7 814 лам, 322 бывших феодала, 300 ответственных кадровых работников, 180 представителей командного состава МНРА, 1555 бурят и 408 китайцев. За этот период были рассмотрены дела на 7 171 человек, из которых 6 311 были казнены. Как следует из этих данных, основной удар репрессии нанесли именно по буддийскому монашеству.
В 1936-1939 годах в Монголии было репрессировано две трети членов ЦК МНРП и 8 из 10 членов президиума ЦК. По обобщённым данным за тот же период Чрезвычайная комиссия во главе с Чойбалсаном под пристальным контролем советников СССР осудила 25 588 человек, из которых 20 099 были приговорены к расстрелу и казнены. Доля жертв террора в населении страны значительно превысила аналогичные показатели "Большого террора" в СССР.
К концу 2008 года 29 000 чел. было реабилитировано. Начиная с 1996 года, 11 сентября отмечается как День памяти политических репрессированных. Создана Государственная комиссия по руководству и организации реабилитации, над архивными материалами работает целая группа ученых-историков. Родным и близким репрессированных выплачиваются денежные пособия, выделяются юрты и квартиры. За прошедшие годы государство выделило 15.8 млрд тугриков на компенсации семьям, родным и близким репрессированных.