Хорлогийн Чойбалсан, бывший в 1935-1939 первым заместителем премьер-министра, до 1939 года формально не занимал высшей должности в правительстве, однако фактически уже в 1936 году стал диктатором и провёл массовые репрессии, уничтожив не только своих противников в партии, но также большое число бывших аристократов, монахов и пр. В результате репрессий погибло 20-25 тысяч человек, то есть несколько процентов населения страны.
Чойбалсан возглавлял монгольскую армию в совместных с РККА операциях на Халхин-Голе и в советско-японской войне.
Юмжагийн Цэдэнбал выдвинулся на руководящие должности при Х. Чойбалсане, занял должность Генерального секретаря ЦК МНРП. После смерти Чойбалсана в 1952 также стал премьер-министром. Проводил намного более мягкую политику, при нём были освобождены из тюрем многие жертвы чойбалсановских репрессий, был разоблачён культ личности Чойбалсана, однако политика Чойбалсана официально не пересматривалась.
Тем не менее, именно на начало правления Ю. Цэдэнбала приходится коллективизация сельского хозяйства (осуществлённая в относительно мягких формах), при нём произошло повышение уровня жизни крестьян-скотоводов, внедрение в их среду бесплатного здравоохранения, образования, ряда социальных программ. Начал индустриализацию страны с опорой на массированную экономическую помощь СССР и ряда других стан СЭВ.