Численность военнопленных в лагерях постоянно менялась. Например, в лагере "Амгалан" (другое название "Центральный") в конце декабря 1945 г. находилось 1307 чел. Из-за отсутствия нар многие военнопленные спали на холодном полу. Увеличение численности военнопленных наблюдается в лагерях "Белые казармы" (с 591 чел. в феврале 1946 г. до 927 чел. в октябре 1946 г.), "Первая колония" (712 чел. в феврале 1946 г. до 1800 чел. зимой 1946/1947 гг. ) и некоторых других. Напротив, уменьшение численности заключённых наблюдается в лагере "Пятая фабрика" (с 1409 чел. в апреле 1946 г. до 1000 чел. зимой 1946/1947 гг.).
Очевидно, основной причиной перемещения японцев из одних лагерей в другие явились зимние холода. По данным С.И. Кузнецова, основное количество смертных случаев в лагерях японских военнопленных приходится на зимние месяцы. С наступлением весны смертность резко снижается и летом случаи смерти были единичны. Это лишний раз подтверждает, что непривычный, суровый климат был одной из причин высокого процента смертности. Многие помещения в лагерях не успели утеплить и люди страдали от холода. Начальник лагеря в Хужирбулане С. Шарав вспоминал: "Невозможно было смотреть на мёрзнущих, больных японцев. Поэтому мы договорились с начальником японских солдат Аракава о выдаче военнопленным после работы двух горячих кирпичей, которые они подкладывали под кровать или клали в ногах. Таким образом, они сумели пережить зимние холода". В ряде лагерей, где численность военнопленных увеличилась, не хватало матрацев, нар. Например, в лагере "Белые казармы" по данным на 25 марта 1947 г. не имели матрацев 576 чел. Отсутствие матрацев у многих военнопленных было зафиксировано и в лагере "Первая колония". Особенно тяжёлое положение сложилось в лагере Жаргалант, где было размещено 414 чел. Их не обеспечили необходимыми жилыми помещениями, отоплением, матрацами. 25 чел. умерло, более 200 чел. были направлены в госпиталь г. Улан-Батор. Прокурор Управления по делам японских военнопленных Баньдхуу в акте от 30 января 1946 г. отмечал, что трудоспособных людей в лагере Жаргалант насчитывается всего 8 чел. В феврале 1946 г. лагерь Жаргалант прекратил свое существование, оставшиеся свыше 100 военнопленных были переведены в г. Улан-Батор в лагерь для больных дистрофией.
Имелись в МНР и подготовленные к зимним условиям лагеря, по итогам прокурорской проверки в начале 1946 г. образцовым лагерем, по всем показателям опережающим другие ИТЛ, был признан лагерь кожевенного завода, расположенный в пос. Алтанбулаг. К благополучным во многих отношениях местам заключения относились лагеря мясокомбината, института, дворца культуры, находившиеся в г. Улан-Батор. Несмотря на официально принятый в Монголии стандарт пищевого рациона военнопленных, включавший овощи, рис, сахар, в реальной жизни питание контингента лагерей не соответствовало ему. Питание, как и многое другое, во многом зависело от места заключения военнопленного. В большинстве случаев пища была однообразной и состояла из рисовой похлёбки на воде и чёрного хлеба или пшенной каши. В некоторых лагерях военнопленные получали небольшое количество монгольского сыра, печенье в выходной день. Иногда ели солёную рыбу, говядину, свинину. Заметим, что около 80 чел. военнопленных были направлены в специальный лагерь, находившийся у озера Огий-нуур. Их деятельность заключалась в занятии рыболовством и обеспечении рыбой всего контингента монгольских лагерей для военнопленных. Более 252 чел. занимались земледелием и огородничеством в лагере Борнуур; 156 чел. выращивали пшеницу в лагере Зуунбурэн. Для обеспечения военнопленных мясом Управление по делам японских военнопленных в феврале 1946 г. организовало охоту на антилоп-дзеренов в Восточногобийском аймаке. В феврале 1946 г. было добыто 1944 дзерена, в марте — 6000 дзеренов. Охота на антилоп была продолжена и в 1947 г.
Несмотря на эти мероприятия, обеспеченность заключённых мясом была низкой, по воспоминаниям многих военнопленных, им лишь 1–2 раза удавалось поесть мяса. В ряде мест лагерная администрация совершала хищения продуктов питания, предназначенных для военнопленных, проявляла халатность, выражавшаяся в неумышленной порче продуктов питания. Необеспеченность заключённых зимней одеждой была одной из насущных проблем Управления по делам японских военнопленных. Вследствие отсутствия тёплой зимней одежды многие военнопленные не могли выйти на работу. По данным на конец января 1946 г., в лагере Зуунхараа не хватало одежды для военнопленных, некоторые не имели зимних шапок; в лагере Налайха, где занимались добычей угля, 14 чел. не имели зимней обуви, 10 чел. — зимних шапок, 46 чел. — рукавиц, 53 чел. ходят в изношенной обуви. Лишь в октябре 1946 г. была проделана большая работа по пошиву зимней одежды (ватных штанов, рубашек, зимних шапок, валенок), поэтому зима 1946/1947 гг. прошла относительно спокойно, без массовых обморожений заключённых. Низкокалорийное питание, отсутствие зимней одежды, проживание в холодных жилых помещениях приводили к распространению таких заболеваний, как тиф, туберкулез, дизентерия. В МНР умерло 1615 чел. из 12318 военнопленных, что составляет 13,1%.
Особенно тяжёлыми для японских военнопленных в Монголии были зимние месяцы 1945/1946 гг., в начале января 1946 г. насчитывалось 202 умерших, в начале марта 1946 г. численность умерших достигла 553 чел. 34,2% всех смертей (или 1/3) пришлись на три зимних месяца. Причинами смерти японских военнопленных в Монголии были туберкулёз лёгких (36,4%), пневмония (7,4%), дизентерия (8,3%), дистрофия (7,1%), болезни сердца, тиф, гепатит (2,7 — 3,8%), менингит, брюшной тиф (0,8 — 1,6%), аварии, производственный травматизм (3,2%).
Репатриация японских военнопленных прошла в октябре 1947 г., когда властям СССР были переданы 10705 чел., из них 579 офицеров, 2421 унтер-офицеров, 6517 рядовых, 1188 интернированных. Все военнопленные были обеспечены тёплой одеждой и провизией на 20 суток. 14 октября 1947 г. была отправлена из г. Сухэ-Батор на ст. Наушки первая группа из 1019 чел., 17 октября — 1010 чел., 19 октября — 854 чел., 21 октября — 1097 чел., 22 октября — 1984 чел., 23 октября — 1011 чел., 25 октября — 1548 чел., 26 октября — 654 чел., 27 октября — 1478 чел. Перед отправкой многие военнопленные выражали сомнение в том, что их действительно отпустят на родину, в Японию. Некоторые считали, что они отработали слишком мало времени, поэтому их направят на дальнейшую работу в регионы СССР. Однако их сомнения были напрасны, все репатриированные были направлены по железной дороге в порт Находка, оттуда переправлены в Японию.
Согласно новым, рассекреченным материалам, в 1947–1949 гг. на территории Монголии продолжал использоваться труд японских военнопленных. Новая партия японских военнопленных в количестве 20 тыс. чел. прибыла в МНР предположительно в четвертом квартале 1947 г. или в 1948 г. для участия в секретном строительстве № 505, под которым подразумевалось строительство железной дороги от ст. Наушки до г. Улан-Батор. Согласно имеющимся данным, японских военнопленных планировалось перебазировать в Монголию с участков Байкало-Амурской магистрали. В 1947 г. в ИТЛ строительства № 505 прибыло около 9 тыс. заключенных, в 1948 г. — около 47500 чел. В их число, очевидно, входили 20 тыс. японских военнопленных. Строительство железной дороги Наушки — Улан-Батор было завершено в кратчайшие сроки, несмотря на тяжёлые условия пустынной и горно-пересеченной местности и крайний недостаток местных строительных материалов, транспортных средств и связи. Участие большой группы японских военнопленных в форсированном строительстве железной дороги остается за завесой тайны и ждёт дальнейших исследований.