В этом случае запятая перед ,,и,, - не ставится. А ,,которого уже нет,, можно было взять в скобки
А это рекомендуемый вариант:
4 Каждый день этот поезд отправлялся от старого чусовского вокзала, которого сейчас уже нет; и стояли в открытых дверях проводницы, выставив наружу жёлтые флажки