Город встретил воспрянувшую Марию неприветливо. На 750 рублей она не могла даже снять комнату, поэтому ютилась с родителями на кухне своей сестры. А вскоре в Томск вошли красные…
Есть сведения о том, что А.Колчак предложил Марии сформировать женский добровольческий санитарный отряд "имени поручика Бочкарёвой", пообещав денежную помощь. Не жалея сил, Мария взялась за это поручение, но помощи так и не дождалась. После стремительного прорыва красных Колчак со штабом покинул Омск, оставив на путях эшелон с ранеными. Расценив это, как предательство и поклявшись ничего больше не делать для белых, Бочкарёва впервые за эти годы сняла военную форму.
Что ей оставалось делать?
"Я отправилась к коменданту города, сдала ему револьвер и сказала, кто я и что делала у белых, – рассказывала она позже, – предложила свои услуги Советской власти. Комендант сказал, что в моих услугах он не нуждается, а когда понадобится, он за мной пошлёт". С Марии Леонтьевны взяли подписку о невыезде и заверили, что не будут подвергать её аресту.
Цена подобным заверениям оказалась известной. Её арестовали в ночь перед Рождеством, прямо во время церковной службы. Из томской тюрьмы перевели в Красноярск (по другим источникам, Марию расстреляли именно в этом городе, но ещё в мае 1918 года), затем переправили в Омск, передав её в Особый отдел ВЧК 5-й армии. Свидетелей по делу Бочкаревой не привлекали, и обвинение основывалось только на её показаниях.
В конечном итоге Особый отдел вынес следующее постановление: "Для большей информации дело, вместе с личностью обвиняемой, направить в Особый отдел ВЧК в г. Москву". Возможно, это сулило благоприятный исход, тем более что постановлением ВЦИК и СНК смертная казнь в РСФСР была в очередной раз отменена. Но, к несчастью, в Сибирь прибыл заместитель начальника Особого отдела ВЧК И. Павлуновский, наделенный Ф. Дзержинским чрезвычайными полномочиями. Этот товарищ из центра никак не мог взять в толк, что смущает местных чекистов в таком простом деле. И недрогнувшей рукой выдал краткую резолюцию: "Бочкарёву Марию Леонтьевну – расстрелять". 16 мая 1920 года приговор был приведен в исполнение. В ту пору "русской Жанне д`Арк" шёл только тридцать второй год…