Первым японцем, выяснившим про катастрофу советского судна, был начальник полицейского участка городка Вакканай Такэиси Исаму. Он и стал первым организатором спасения людей с "Индигирки".
Несколько небольших кораблей пытались пробиться к "Индигирке", но шторм и сильный снегопад помешали спасательным работам. Решено было дожидаться хорошей погоды.
Первая помощь запертым на судне пришла только в 6 утра 13 декабря - спустя сутки после катастрофы. Сначала из-за шторма людей спасали из воды - те прыгали с "Индигирки" и хватались за канаты, сброшенные с японских судов.
Днём в тот день подошёл большой японский теплоход "Карафуто-мару" и спасение приняло более организованный характер. К тому же шторм стал стихать.
На "Карафуто-мару" сошёл и капитан "Индигирки" Лапшин, несмотря на то, что в полузатопленных трюмах ещё оставались люди. Лапшин на японском берегу "вспомнил" о них только спустя четверо суток.
Японские военные послали корабль на спасение оставшихся в трюмах людей, "Индигирку" пришлось резать автогеном. Но за это время из четырёхсот с лишним людей в живых там остались 28 человек - все мужчины, в основном зеки.
В итоге за все время операции удалось спасти 428 человек, в том числе 35 членов команды (всего членов экипажа было 39 человек) и 22 сотрудника НКВД (шестеро охранников были растерзаны зеками в самом начале крушения). Погибли 745 человек.
Уже 13 декабря в Вакканай прибыл советский консул Тихонов. Он обошёл русских и передал команду уничтожить все документы, партийные и комсомольские билеты, чтобы при обыске они не попали в руки японцам. Заключённым он велел представляться рабочими "Дальрыбопродукта": мол, при пересуде им это зачтётся. С роб, в которых были зеки, им было приказано спороть нашивки, а сама тюремная одежда была объявлена униформой рыбаков.
По всему Хоккайдо начался сбор одежды и личных вещей для потерпевших. Однако консул Тихонов предупредил советских граждан, чтобы те ничего не принимали от японцев. Он же настоял, чтобы их разместили в одном здании (бывшей школе), а не разобрали по отдельности по домам сердобольных японцев, как предлагали местные власти.
После того, как в Японию в 1938 году сбежал начальник НКВД по Дальнему Востоку Генрих Люшков, там, с его слов, уже хорошо себе представляли масштаб репрессий в СССР и как выглядит жизнь в ГУЛАГе. Красный Крест предложил всем желающим с "Индигирки" остаться в Японии.
Предложение касалось в первую очередь тех, кто был осуждён по печально известной 58-й статье. Для этого две женщины из японского Красного Креста попытались провести анкетирование спасшихся на предмет выявления политзаключённых. Но их затея ничем не окончилась - никто из советских граждан не признался, что он политзек. Хотя достоверно известно, что осужденных по 58-й статье в числе спасшихся было более 30 человек.
Более того, как потом, в конце 1950-х, признавался один из тех людей, некто Болотин, бывшие троцкисты ночью задушили одного своего товарища, признавшегося, что хочет обменять ГУЛАГ на свободу в Японии.