8 августа 2000 года Александр Тихонов и его брат Виктор были задержаны по подозрению в организации покушения на губернатора Кемеровской области Амана Тулеева. 10 августа 2000 года Александр Тихонов был арестован, а 11 августа 2000 года был арестован Виктор Тихонов, который дал признательные показания. Александр Тихонов свою причастность к делу отрицал[16]. 24 сентября 2000 года мера пресечения Александру Тихонову была изменена на подписку о невыезде[17].
4 февраля 2001 года Александр Тихонов обратился с открытым письмом к Президенту России Владимиру Путину с просьбой вмешаться в расследование уголовного дела. Своё обращение к президенту Тихонов объяснил тем, что следственные органы Новосибирска нарушают его гражданские права, не разрешая вылететь в Москву для проведения неотложной хирургической операции. В результате этого 5 марта 2001 года прокуратура Новосибирской области изменила меру пресечения А. Тихонову: ему было разрешено выехать в Москву для лечения. 20 апреля 2001 года было завершено расследование уголовного дела, однако к моменту начала судебных слушаний А. Тихонов покинул Россию, скрывшись от правосудия, и предположительно находился в Австрии, где, по некоторым сведениям, прошёл операцию на ногах. В результате этого Тихонов был объявлен в международный розыск, а его уголовное дело было выделено в отдельное производство[16]. В. Тихонов 2 августа 2002 года был признан виновным и осуждён на 4 года лишения свободы. Суд установил, что Виктор Тихонов по поручению главы группы «Миком» Михаил Живило (партнёр Александра Тихонова по бизнесу) нашёл в Новосибирске киллеров и передал им аванс в размере 179 000 долларов.
В 2006 году Александр Тихонов вернулся в Россию. Возвращению способствовала телеграмма, которую он получил от Амана Тулеева 6 сентября 2005: «Уважаемый Александр Иванович, знаю Вас как известную в спорте России и мира личность, многократного чемпиона страны и планеты. Всегда гордился Вашими достижениями. Никогда не держал на Вас зла и не держу, неоднократно сообщал об этом через СМИ. Знаю, что вся вина лежит на Живило…»[18][19].
23 июля 2007 завершился суд, и Александр Тихонов был признан виновным в подготовке покушения на губернатора Кемеровской области Амана Тулеева; он был приговорён к трём годам тюрьмы, но затем освобождён прямо в зале суда по амнистии, объявленной в честь 55-летия Победы в Великой Отечественной войне. Сам Тихонов в последнем слове виновным себя не признал[20][21].