В Вооружённых Силах России гауптвахты бывают гарнизонные и войсковые. 4 июля 2002 были внесены изменения в устав внутренней и караульной службы вооруженных сил России, отменяющие наказание в виде помещения на гауптвахту. 15 ноября 2006 года Государственная дума приняла закон, восстанавливающий гауптвахты в российской армии. 2 декабря 2006 года президент России В. Путин подписал закон, устанавливающий порядок применения военными судами к военнослужащим дисциплинарного ареста. Закон вступает в силу с 1 января 2007 года. В соответствии с ним военнослужащий может быть подвергнут дисциплинарному аресту за самовольное оставление части, нарушение правил обращения с оружием, а также исполнение воинских обязанностей в состоянии алкогольного или наркотического опьянения. Решение об аресте будет находиться в компетенции гарнизонных судов. Предельный срок нахождения на гауптвахте составит 45 суток.